La secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing [NGS]) es un grupo de tecnologías diseñadas para secuenciar gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo, en menor cantidad de tiempo y a un menor costo por base.

Su uso se dio inicialmente para detectar variantes de nucleótido único y cada vez se ha desarrollado para otro tipo de variantes, como inserciones, deleciones y grandes rearreglos.

Gracias a los recientes desarrollos en las pruebas basadas en NGS, estas tecnologías se plantean como estrategias de gran utilidad para la prevención, el diagnóstico, el tratamiento y el seguimiento de un amplio espectro de enfermedades, incluidas condiciones genéticas, patologías crónicas y enfermedades infecciosas, y se prevé que en un futuro cercano su creciente aplicación clínica generará resultados favorables para lograr el diagnóstico molecular en un número mayor de pacientes y a un menor costo.

En la práctica clínica es creciente el uso actual de las pruebas basadas en NGS; sin embargo, aún existe incertidumbre sobre aspectos importantes como las indicaciones adecuadas para su uso, limitaciones de la técnica (sensibilidad y especificidad), reporte de variantes, interpretación de resultados, relación costo-beneficio y cobertura en el Plan Nacional de Salud.

En los dos últimos años estos instrumentos han sufrido tantas mejoras y de forma tan rápida que ninguno de los actuales se parece al que fue lanzado comercialmente con el mismo nombre, con excepción de la química de secuenciación básica subyacente. Recientemente han aparecido versiones de equipos de NGS con características más limitadas en cuanto a su rendimiento y capacidad de secuenciación pero con mayor facilidad de manejo y enfocados a un segmento de mercado distinto.

Las sondas génicas pueden utilizarse para localizar segmentos específicos de DNA normal o mutado. Diferentes tipos de sondas pueden investigar una amplia gama de tamaños de secuencia de DNA. Un segmento de DNA conocido puede ser clonado y luego marcado por fluorescencia (mediante hibridización fluorescente in situ [FISH, por sus siglas en inglés]); este segmento se combina luego con una muestra de prueba. El DNA marcado se une a su segmento complementario de DNA y puede detectarse mediante la medición de la cantidad y tipo de fluorescencia. Las sondas pueden detectar varios trastornos antes y después del nacimiento.

El genoma humano contiene 20.000 genes, de los cuales sólo una fracción se sabe que están relacionados con una enfermedad o fenotipo clínico. El Disease Exome es el panel de secuenciación más completo disponible en la actualidad, incluyendo >6000 genes clínicamente relevantes. Esta herramienta de diagnóstico está disponible para médicos, con aplicación en pacientes con un fenotipo incierto, inespecífico o complejo. El Disease Exome tiene una profundidad media de cobertura de >100x con >95% de las regiones objetivo cubiertas.

Por: Dalia Solano

Fuentes:

Scielo.
De la Secuenciación a la Aceleración Hardware de los Programas de Alineación de ADN, una Revisión Integral.

CGC Genetics.
Secuenciación de Nueva Generación (NGS).